Ограничений по количеству банковских счетов для организаций и предпринимателей на АУСН не установлено. Главное, чтобы счета были открыты в уполномоченных ФНС банках
Но работать по АУСН с несколькими счетами может быть неудобно. Дело в том, что на автоматической упрощенке банки не просто проводят платежи, но и выполняют важные дополнительные функции (ст. 15 и ст. 17 закона № 17-ФЗ):
передают в ФНС информацию о доходах и расходах для расчета налога
удерживают НДФЛ при выплате зарплаты сотрудникам и перечисляют его в бюджет
Если денежные потоки разделены по нескольким счетам, увеличивается вероятность ошибок. Поэтому при работе с АУСН лучше по возможности пользоваться услугами одного банка. Если вы все-таки решили открыть несколько счетов в разных банках, то зарплату желательно платить только через один из них. Так будет ниже вероятность ошибок в части расчета НДФЛ